在按动力学机制蛋白酶催化多肽合成时，即氨解，丝氨酸或半胱氨酸蛋白酶作为转移酶，催化酰基从酯化的底物向氨基酸衍生的亲核体转移，从而形成新的肽键。氨基酸的氨解需要活化的羧基，例如乙基或甲基酯，以形成酰基—酶中间体。反应的速率可通过改变反应条件来增大，如温度，pH，底物浓度，还有加入助溶剂。另外利用氨解合成多肽时，通过使用支链终止剂和运用不同的氨基酸组合，可获得具有支链和二嵌段结构的多肽。[10]

Leendert W. Schwab等人利用papain对亮氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸等四种氨基酸进行一元、二元和三元低聚，[11]产率在30-80%不等，且测得反应活性为酪氨酸>亮氨酸>苯丙氨酸>色氨酸。二元共聚导致了多肽低聚物的产率在35-60%左右，聚合度约为4.3~7.7之间。利用papain进行对氨基酸的低聚，其聚合度最高是亮氨酸