2。2。5 测序

 样本由上海美吉生物科技有限公司进行测序操作。

3结果与分析

3。1多样性指数分析

 研究群落生态学中的微生物多样性，可以通过对单个样本的多样性指数分析，来反映该样本中微生物群落的多样性和丰度。分析结果见表3-1，优化后的Reads在相似水平为97%的条件下进行OTU聚类。基于OTU进行Ace、Chao、Coverage、Shannon、Simpson等一系列的统计学分析，其中Ace和Chao均是根据实际测到的OTU进行样本中的总OTU数目的估算，样本106的两种估算值完全相同。6个样本的测序深度均达到99%以上，说明样品中的99%以上细菌的16SrRNA序列被成功扩增并测序。Shannon指数和Simpson指数用来反映物种的多样性，其值分别在4。32-4。56和0。046-0。0696之间，结果表明六个样本中的细菌微生物群落的多样性和丰度相似，且能够真实地反映样本群落结构。来*自-优=尔,论:文+网www.chuibin.com

表3-1 多样性指数分析表

Sample ID Reads 0。97

OTU ace chao coverage shannon simpson

1 11424 510 588 601 0。990371 4。47 0。0483

106 25666 655 681 681 0。997740 4。7 0。0451

110 16686 626 681 703 0。994127 4。56 0。0618

12 30526 613 650 664 0。997644 4。46 0。046

130 14032 580 693 737 0。990094 4。32 0。0696

A1 21230 619 671 661 0。995949 4。52 0。0493

3。2 稀释性曲线

对优化后的序列随机抽样，以抽到的Reads数目为横坐标以及在97%水平下实际观测到的OTU数目为纵坐标构建稀释性曲线，通过曲线形状反映不同样本中细菌的丰富度。见图3-1，随着Reads数量的增加，测得的OTU数目先急速增加然后保持平稳即曲线斜率从垂直方向不断减少直至趋向于0，说明测序得到的Reads序列足够反映样本的真实性。图中曲线的高度同时能够直观的反映不同个体含有的OTU数目，结果表明样本106和110物种丰富度最高，而样本1具有最低的物种数目。