上述的每个方法都有自己的优势，并且在推动这一重要领域的发展起到了一定的作用。但同时，这些方法也有一些缺陷，体现在下面几点：（i）虽然提出来的这些预测器每个功能都很强大，但是却没有有效的方法来组合它们以进一步提高预测的性能。（ii）这些方法中没有一个可以允许用户设置他们期望预测的参数，因此用户难以根据他们的需求来使用并优化这些预测器系统。（iii）除了RF-DYMHC方法（Jiang等人，2007），其他的预测方法都不能直接用于全基因组分析。即使对于RF-DYMHC预测方法，也不是很精确，因为其窗口大小是任意的。