MINE方法研究蛋白质复合物各因素的相关性(2)
在理论计算与预测中，对大数据集的变量间关系的分析越来越重要，在本文中提出了一个衡量变量关系的标准--最大信息系数（MIC）。这是度量两个相关（线性与非线性）关系的重要指标。MIC属于较大的一类MINE（非参数最大信息化法）的识别和分类关系统计。在我们研究一个大数据集时，我们可以按照一个标准（MIC)对这个数据集中的数据对进行打分，然后按照得分高低进行排列，并且在分析过程中，要注意普遍性和公平性。完成后，我们可以根据得分情况对数据间的相关性进行分析。MIC（最大信息系数法）和MINE（非参数最大信息化法)在分析过程中已经有了广泛的应用，例如在健康，基因表达，影响收入因素，和人类肠道菌群等领域。同时，这在识别新兴未知关系中也有重要应用。
在本篇文章中，我们的工作有一下几点：首先简单叙述与蛋白质相互作用，相互作用界面，亲和能有关的基本知识和目前国内外的研究方法；之后我们会介绍MINE算法和拟合模型，最后我们把MINE运用到对蛋白质复合物相互作用界面结合的各个因素贡献进行研究中，通过计算跑分数据得出每种因素对相互作用界面结合的贡献度。
第二章 蛋白质相互作用
2。1蛋白质相互作用介绍及研究方法
生命体通过生物分子之间的相互作用来实现它的基本功能，因此研究生物分子间的相互作用在分析生命体功能中扮演了非常重要的角色，而蛋白质的相互作用又是其中最重要的部分。
当细胞接受信号时，细胞会通过特定的途径对基因表达过程进行调节，以保证发挥特定的生物学功能。在此过程中，蛋白质起到了非常重要的作用。蛋白质通过和他的伴侣分子或者与其他的蛋白质分子形成复合物的方式来发挥作用。因此我们必须通过研究蛋白质相互作用间的方式来更好的理解细胞的生物学活性。
在蛋白质相互作用的研究中，我们应该根据不同的实验目的和条件选择不同的实现策略。在研究已知蛋白质之间的相互作用时，我们更加关注的是蛋白质能否结合,因此实验更倾向于验证。在这种情况下,应选择高机动性、高信誉,更接近生理条件的技术方法并且尽量减少实验本身带来的假阴性或假阳性。目前蛋白质相互作用的研究方法主要包括免疫共沉淀，Far-Western blotting,生物信息学,酵母双杂交系统，噬菌体展示,表面等离子体共振、荧光能量转移等几种[3]。论文网
1 免疫共沉淀
免疫共沉淀的基础是抗原抗体的专一性，也是最经典的一种研究方法。其基本原则是:在细胞裂解液中加入抗体，与抗原发生反应，之后收集免疫复合物进行比对分析。免疫共沉淀可以用来验证两个已知的蛋白质在体内的相互作用,还可以找到未知的蛋白质相互作用,这两个原则是相同的,都需要使用特定蛋白质抗体进行组合,然后通过G蛋白或A蛋白琼脂糖微珠将复合物沉淀下来,然后进行鉴定。免疫共沉淀中设置正确的对照是非常重要的,因为这种方法出现假阳性的概率较高。
免疫共沉淀的优点是:像蛋白质亲和色谱一样,检的测产品是粗提取液;抗原之间的相互作用浓度和类似的细胞中蛋白质的浓度一样,这样就避免了人为造成的过度检测效应。
免疫共沉淀的缺点是：免疫蛋白沉淀可能没有直接相互作用的蛋白质,但有第三方间接相互作用的蛋白质。此外,它比蛋白质亲和色谱法灵敏度低,因为感兴趣的高浓度蛋白质含量比后者低,所以形成复合物的能力低。
2 Far-Western blotting
Far-Western blotting印记最初用于32 p标记的谷胱甘肽S -转移酶(GST)—融合蛋白表达库筛选,目前用于检测蛋白质-蛋白质的相互作用。近年来,Far-Western方也用于检测配体受体相互作用和相互作用的蛋白库筛选。这种方法的优势是可以研究翻译后的修饰对蛋白质-蛋白质相互的影响。