MINE方法研究蛋白质复合物各因素的相关性(3)
3 生物信息学
生物信息学指建立生物信息库，然后对已知的各种信息进行记录。之后可以进行方便的比对和应用，以及在原有信息基础上进行合理推测。生物信息学的预期很有前途的,特别是随着蛋白质组学数据的原始积累,生物信息学注释的使用将变得越来越重要,相信会有更发达的生物信息学算法被发明出来。
4 酵母双杂交系统
酵母双杂交系统的原理是将两个目的蛋白分别与AD（真核转录因子的DNA 结合区）和BD（转录激活区）融合产生新的融合蛋白,如果这两个目的蛋白可以相互作用,则可能促使AD（真核转录因子的DNA 结合区）和BD（转录激活区）相互接近,从而产生转录因子,然后提前激活提前构建在酵母基因组中的基因进行转录。在此之前,也有很多生化方法用于研究蛋白质之间的相互作用,但都是在体外研究中,这个系统可以在酵母这种生长快速、操作方便的系统中研究真核细胞的蛋白质-蛋白质相互作用,并通过直接由cDNA库筛选出与未知的蛋白质相互作用的蛋白质的基因。
5 噬菌体展示技术文献综述
噬菌体展示技术指的是噬菌体表面表达筛选技术,也是一种用于筛查和重建功能性多肽的生物技术。在噬菌体外壳蛋白基因上连接一个单克隆抗体的基因序列,当噬菌体成长时,表面会表达相应的单抗。之后进行筛选时，他就会和特定的蛋白质结合。
6 表面等离子共振
表面等离子体共振的方法是通过将受体蛋白固定在金属薄膜上,然后检测受体蛋白质和液相中配体蛋白的特异性结合情况。该方法的原理是SPR光谱峰对金属表面电介质变化敏感。
7 荧光能量转移
荧光能量转移的特点是可以在活性细胞中对蛋白质相互作用进行实时动态的检测和研究，现如今已成为蛋白质研究的有力工具。
2。2 相互作用界面
生物大分子之间的作用力包括：非共价键：氢键，电作用，疏水作用，VDW作用，配位键；共价键（二硫键）。其中各键参数如下表
键 键长（nm） 真空总键长度（kcal/mol) 水中键长度（kcal/mol)
共价键 0。15 90 90
离子键 0。25 80 3
氢键 0。30 4 1
VDW 0。35 0。1 0。1
电作用：在蛋白质内部，通常有许多大的疏水核并且趋向不包埋很多电核极性残基。而蛋白质界面处有大量的带电核极性残基。从这一点看，蛋白质折叠和蛋白质联合的平衡力不同，而且蛋白质结合所需要的驱动力比蛋白质折叠过程所需的小。另外蛋白质-蛋白质界面相似于蛋白质表面而不是蛋白质内部，富含带电和极性残基。很少能观测到大片的疏水残基聚集在一起的疏水片，而是疏水残基趋向散布到整个界面，形成镶嵌带电和极性残基的小片。蛋白质界面处的带电集团，氢键等并不是简单的分别作用，加强绑定。而是形成复杂的网络。而形成网络后对绑定的贡献也不是如预想的那样都是加强。因此种种迹象表明，仍然无法确定电作用是否是蛋白质相互作用的主要因素。
氢键：在蛋白质间存在大键，类氢键，这些在蛋白互作用中起到了重要作用。
VDW作用：相同蛋白分子辅基作用不同，接触界面较此起一定的作用。
不同的蛋白质间作用力的比较
1。蛋白质界面处的亲水桥比蛋白质的折叠作用更能稳定复合物。
2。疏水作用在蛋白质界面起到的作用比蛋白质内部小。来.自^优+尔-论,文:网www.chuibin.com +QQ752018766-
蛋白质相互作用间的一些共性
1。相比于专性复合物，非专性复合物连接更小，更加亲水，可独自存在的蛋白质界面相对中性。