水稻地方品种薄稻中抗稻瘟病基因Pd-bd1候选基因在亲本间的序列差异分析(3)
表1-1 前期研究Pd-bd1候选基因预测结果
Table 3-1 Information of Pd-bd1candidate genes
编号
No. LOC 名称
LOC Name Os 名称
Os Name CDS位置
CDS position 预测蛋白功能
Prediction function
P1 LOC_Os11g45950 Os11g0686700 27804967 - 27804177 包含NAC结构域的蛋白，表达的蛋白
NAC domain-containing protein , putative, expressed
P2 LOC_Os11g45960 -- 27806906 - 27807244 表达的蛋白
expressed protein
P3 LOC_Os11g45970 Os11g0686900 27818431 - 27812251 NBS-LRR抗病蛋白，表达的蛋白NBS-LRR type disease resistance protein, putative, expressed
P4 LOC_Os11g45980 - 27820309 - 27824920 NBS-LRR抗病蛋白，表达的蛋白NBS-LRR type disease resistance protein, putative, expressed
P5 LOC_Os11g45990 Os11g0687100 27828621 - 27835246 包含von Willebrand factor type A机构与的蛋白，表达的蛋白von Willebrand factor type A domain containing protein, putative, expressed
P6 LOC_Os11g46010 - 27853464 - 27850492 反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P7 LOC_Os11g46020 - 27858940 - 27856388 反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P8 LOC_Os11g46030 - 27860676 - 27863583 反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P9 LOC_Os11g46040 - 27870027 - 27864547 反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P10 LOC_Os11g46050 Os11g0687500 27870674 - 278716 表达的蛋白
expressed protein
本研究根据日本晴的基因组参考序列对4个候选基因（P1、P2、P3和P4）设计引物（由于时间原因尚未完成另外两个表达蛋白P5和P10的研究）。通过聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）克隆苏御糯和薄稻中P1-P4的序列，并比较其核苷酸和氨基酸序列的差异。
1. 材料与方法
1.1 植物材料
太湖流域高抗稻瘟病地方品种薄稻；感病品种苏御糯。水稻品种均由实验室提供。
1.2 利用CTAB法提取水稻总DNA
首先根据下表配置CTAB溶液：
表1-2 2% CTAB缓冲液（50ml）
Table1-2 2% CTAB Buffer Solution (50ml)
试剂名称
Reagent Name 终浓度
Ultimate Concentration 用量
Dosage
CTAB 2% 1 g
NaCl 1.4 mol/L 4.09 g
PVP 2% 1 g
0.5M/L EDTA（PH 7.5） 20 nmol/L 2 mL
1M/L Tris-Hcl（PH 8.0） 100 mmol/L 5 mL
加ddH2O到50 ml。
（1）植物样品：把植物样品用液氮研磨，吸取1000 ul裂解液至2.0 ml EP管里， 裂解液中加入20 ul的β-巯基乙醇。把研磨好的样品约100 mg加入裂解液中，65度水浴40 min，期间每隔10 min颠倒混匀一次，以使样品充分裂解。
（2）取上清至新的2.0 ml EP管中，加等体积（约900 ul）的酚（Ph8.0）：氯仿：异戊醇（25：24：1），颠倒混匀，12000 rpm离心10 min。
（3）取上清至新的1.5 ml EP管中，加等体积（约 800 ul）的氯仿：异戊醇（24:1）， 颠倒混匀，12000 rpm离心10 min。