IPA1基因在高等植物中的同源性生物信息学分析(2)
水稻粳稻的IPA1基因长7229bp，其中它的mRNA包括三部分：995到1566,3997到4130， 4233到5150； 它的完整CDS同样包括三部分分别是1118到1566,3997到4130,4233到4903； IPA1 基因里含有miR156的靶位点，miR156通过转录切割和翻译抑制两种方式来对其进行调控。因为少蘖粳水稻材料在miR156的靶位点发生点突变，进而能够影响这两种调控方式，这会导致IPA1的转录物与蛋白量同时升高。IPA1的转基因研究结果显示，虽然点位点的突变导致了氨基酸的变化，但是这个突变没有改变IPA1蛋白的功能。OsSPL14的一个点突变扰乱OsmiR156 对OsSPL14 的调控，OsSPL14突变后，使得水稻的分蘖减少、穗粒数和千粒重增加，同时茎秆变得粗壮，抗倒伏能力增强，进而提高产量[9-10]。
目前，国内外有关超级稻研究核心领域是水稻理想株型的选育。IPA1控制着水稻的理想株型的主效数量性状。它编码含有SBP-box的转录因子，并调控多个生长发育的过程。水稻中IPA1的突变体的表现特征符合典型的理想株型特征。IPA1基因在超级稻品种的培育中具有很大的应用潜力，因此，有关IPA1的同源性分析具有重要意义，不仅可对IPA1有更深入的了解，还能利用IPA1在其他高等植物的高产性状，提高我国乃至全世界农作物的产量，为全世界的农业发展做出重大贡献。
1、材料和方法
1.1材料来源序列
在在线NCBI数据库中查询下载水稻IPA1的CDS和蛋白序列，获得的CDS序列号为 GU136674.1，蛋白序列的序列号为ADJ19220.1因此本研究分别以CDS序列和蛋白序列为目的序列，进行相关的同源性生物信息学分析。待分析序列如下：CDS序列：
>Oryza sativa Japonica Group IPA1 (IPA1) gene,cds
ATGGAGATGGCCAGTGGAGGAGGCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGAGTAGGCGGCAGCGGCGGCGGTGGTGGTGGAGGGGACGAGCACCGCCAGCTGCACGGTCTCAAGTTCGGCAAGAAGATCTACTTCGAGGACGCCGCCGCGGCAGCAGGCGGCGGCGGCACTGGCAGTGGCAGTGGCAGCGCGAGCGCCGCGCCGCCGTCCTCGTCTTCCAAGGCGGCGGGTGGTGGACGCGGCGGAGGGGGCAAGAACAAGGGGAAGGGCGTGGCCGCGGCGGCGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGTGCCAGGTGGAGGGGTGCGGCGCGGATCTGAGCGGGATCAAGAACTACTACTGCCGCCACAAGGTGTGCTTCATGCATTCCAAGGCTCCCCGCGTCGTCGTCGCCGGCCTCGAGCAGCGCTTCTGCCAGCAGTGCAGCAGGTTCCACCTGCTGCCTGAATTTGACCAAGGAAAACGCAGCTGCCGCAGACGCCTTGCAGGTCATAATGAGCGCCGGAGGAGGCCGCAAACCCCTTTGGCATCACGCTACGGTCGACTAGCTGCATCTGTTGGTGAGCATCGCAGGTTCAGAAGCTTTACGTTGGATTTCTCCTACCCAAGGGTTCCAAGCAGCGTAAGGAATGCATGGCCAGCAATTCAACCAGGCGATCGGATCTCCGGTGGTATCCAGT
GGCACAGGAACGTAGCTCCTCATGGTCACTCTAGTGCAGTGGCGGGATATGGTGCCAACACATACAGCGGCCAAGGTAGCTCTTCTTCAGGGCCACCGGTGTTCGCTGGCCCAAATCTCCCTCCAGGTGGATGTCTCGCAGGGGTCGGTGCCGCCACCGACTCGAGCTGTGCTCTCTCTCTTCTGTCAACCCAGCCATGGGATACTACTACCCACAGTGCCGCTGCCAGCCACAACCAGGCTGCAGCCATGTCCACTACCACCAGCTTTGATGGCAATCCTGTGGCACCCTCCGCCATGGCGGGTAGCTACATGGCACCAAGCCCCTGGACAGGTTCTCGGGGCCATGAGGGTGGTGGTCGGAGCGTGGCGCACCAGCTACCACATGAAGTCTCACTTGATGAGGTGCACCCTGGTCCTAGCCATCATGCCCACTTCTCCGGTGAGCTTGAGCTTGCTCTGCAGGGGAACGGTCCAGCCCCAGCACCACGCATCGATCCTGGGTCCGGCAGCACCTTCGACCAAACCAGCAACACGATGGATTGGTCTCTGTAG
蛋白序列：
>gi|299482812|gb|ADJ19220.1| IPA1 [Oryza sativa]
MEMASGGGAAAAAGGGVGGSGGGGGGGDEHRQLHGLKFGKKIYFEDAAAAAGGGGTGSGSGSASAAPPSSSSKAAGGGRGGGGKNKGKGVAAAAPPPPPPPPRCQVEGCGADLSGIKNYYCRHKVCFMHSKAPRVVVAGLEQRFCQQCSRFHLLPEFDQGKRSCRRRLAGHNERRRRPQTPLASRYGRLAASVGEHRRFRSFTLDFSYPRVPSSVRNAWPAIQPGDRISGGIQWHRNVAPHGHSSAVAGYGANTYSGQGSSSSGPPVFAGPNLPPGGCLAGVGAATDSSCALSLLSTQPWDTTTHSAAASHNQAAAMSTTTSFDGNPVAPSAMAGSYMAPSPWTGSRGHEGGGRSVAHQLPHEVSLDEVHPGPSHHAHFSGELELALQGNGPAPAPRIDPGSGSTFDQTSNTMDWSL
1.2IPA1基因同源性生物信息学分析所使用的软件及操作步骤