水稻属于禾本科植物，单子叶，有24条染色体，性喜温湿，是单子叶植物功能基因组学研究的模式生物，PAP 基因在拟南芥中已有较多研究，而其在单子叶模式植物水稻中的进化和功能还不明确[6]。本研究以水稻中已分离的OsPAP基因为基础，通过生物信息学方法查找其同源基因，对水稻中的PAP基因家族的染色体分布和系统进化树进行分析，并对其组织器官和激素处理下的表达特征进行了鉴定。这些结果提供了水稻PAP家族的重要信息，为进一步功能研究奠定基础。

2  材料与方法

2.1  序列检索和复制事件分析

为鉴定水稻基因组中的PAP基因，首先以PAP为关键词在水稻基因组注释数据库（Rice Genome Annotation Project，RGAP，http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）中进行检索，获得该家族部分成员。然后以获得的序列为查询序列，分别在RGAP数据库和NCBI数据库中进行BLASP搜索，选择E≤0.1的序列为候选序列。在Pfam网站（http://pfam.sanger.ac.uPAP/search）进行验证，若存在PAP结构域，则认为该候选蛋白属于PAP家族，并下载其序列。基因的基本信息如外显子数、转录方向等从RGAP网站获取。以基因编码序列在KOME网站比对搜索，获得其cDNA登陆号。源'自:吹冰`!论~文'网www.chuibin.com

OsPAP基因在染色体上的位置图通过MapChart软件绘制并手工编辑。通过Plant Genome Duplication Database（PGDD, http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/index/locus）查找OsPAP基因的片段复制事件；若两个OsPAP基因在染色体上间隔不超过五个基因，则认为起源于串联重复事件。

2.2  蛋白质等电点和亚细胞定位预测

利用ProParam软件（http://web.expasy.org/protparam/）预测蛋白质等电点，采用WoLF PSORT网站（http://wolfpsort.org/）分析蛋白质亚细胞分布。

2.3  多序列对比和系统发育分析

利用ClustalW软件默认参数对水稻PAP蛋白的氨基酸序列进行多序列比对，采用MEGA5.1软件邻接法（Neighbor—Joining method）构建系统发育树，bootstrap重抽样进行了1000次。

2.4  表达分析

通过在NCBI EST数据库中比对搜索，获得OsPAP基因的组织器官表达信息，利用OsPAP基因的获取号在RiceGE芯片表达数据库（http://signal.salPAP.edu/cgi-bin/RiceGE?JOB=APPENDIX&QUERY=GeneAtlas）中进行检索，获得不同激素处理下的表达模式信息。