PFCS有机氟污染物与血清蛋白结合机理研究(4)
1.3.1.2 分子对接
采用Sybyl中的Surflex-Dock模块，将不同的有机氟污染物对接到HSA三文结构中，之后将其他22个有机氟化合物分别对接到HAS的三文结构中。
1.3.2 研究不同生物中可能的有机氟污染物结合蛋白之间的联系
有机氟污染物在生物体中是与蛋白质结合产生毒性和生物富集等效应。我们将利用序列比对（如BLAST）和分子进化等生物信息学的方法，从美国国家生物技术信息中心（NCBI）的GenBank和欧洲分子生物学网络（EMBnet）中搜索不同生物中的与人血清白蛋白、甲状腺素运转蛋白等有机氟污染物结合蛋白属于同一家族的蛋白序列，比对不同生物的结合蛋白的序列，建立分子进化树。该结果将有助于我们了解有机氟污染物对整个生物界可能的负面影响，为环境保护提供理论支持。
1.3.2.1 序列比对
从美国国家生物技术信息中心（NCBI）的GenBank和欧洲分子生物学网络（EMBnet）中搜索不同生物中的与甲状腺素运转蛋白、人血清白蛋白等有机氟污染物结合蛋白属于同一家族的蛋白序列，并下载下来。利用序列比对（如BLAST）和分子进化等生物信息学的方法，比对不同生物的结合蛋白的序列。
1.3.2.2 建立进化树
将下载的所有蛋白序列整合到一起，利用clustalx软件将所有序列作比对，建立进化树，找出与人同源性较高的物种。
1.3.2.3 同源建模
在找出的所有蛋白序列中找出2个作为代表，与人血清蛋白进行同源建模。在建立模型后分析结果。
2 理论原理及计算方法
2.1 ChemOffice软件简介
美国剑桥公司出版的ChemOffice是世界上优秀的桌面化学软件，集强大的应用功能于一身,为您提供了优秀的化学辅助系统，使您的研究工作达到一个新的高度[13]。它可以将化合物名称直接转为结构图，省去绘图的麻烦；也可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名称。ChemOffice包含：ChemDraw化学结构绘图，Chem3D分子模型及仿真，ChemFinder化学信息搜寻整合系统。
2.2 SYBYL软件简介
SYBYL/Base，是Tripos药物发现软件的核心。它提供了一套完整的分子结构搭建、编辑和可视化的工具。其功能包括：分子在三文空间的图形表达和注释、分子模建与编辑、数据分析与组织、计算（分子三文结构优化）、高质量图形输出及用户定制等等。SYBYL/Base内嵌多种力场，包括AMBER，Tripos , MMFF94s和MM2，适用于与药物设计相关的各种体系。在SYBYL/Base内用户可以通过分子表单（Molecular Spreadsheet）来计算，管理，显示和分析分子的特性。灵活的输入输出方式可以让用户方便使用通用的数据库资源。用户使用内置的脚本语言SPL (SYBYL Programing Language)能够将复杂的分子模拟和药物设计过程自动完成，实现自己的药物设计理念。
总的来说，它是最全面的药物与分子设计专业工具，提供了综合的分子模拟工具——结构搭建、优化、比较；结构与相关数据可视化；注解、硬拷贝、以及屏幕截图；全部的用户界面重新设计以节约时间并简化了工作流。在SYBYL-X中，完成常规任务更加快捷，从获得数据到科学发现的发表等全部工作流程的性能得到提升。所有的这一切都是以最高质量的分子发现科研为目的的。
SYBYL-X有很多版本，本文采用的是SYBYL-X2.0。