质谱的基本原理是，以电离等方式使有机化合物分子裂解成各种离子碎片，然后按离子的质荷比(m/z)大小把生成的多种离子分离，检测其强度，并将它们排列成谱。
质谱的灵敏度非常高，特别适合于微量样品的分析(空气质量分析、水质分析及天然产物的分析)。将色谱和质谱组合起来便形成了现代的色-质联用技术，该技术可直接用于混合物的分析，极大地提高了有机化合物的分析速度。
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