而上层统治阶级出身的桓玄也趁机吞并藩镇壮大自己的势力，图谋夺取帝位，公元404年，桓玄篡夺帝位，刘裕遂集结北府兵部分中下级军官，包括将领刘毅、何无忌等，以复兴晋室为旗号起兵，刘裕被推为盟主。在讨伐桓玄的过程中，刘裕地位得到进一步提升。在这种阶级矛盾与阶级斗争的背景下，刘裕作为寒门庶族地主的代表，登上了统治者的宝座。东晋义熙四年（公元408年），刘裕入辅中央，得授侍中、开府仪同三司、录尚书事、扬州刺史兼徐州刺史，由此完全掌握东晋朝廷的军政大权。[ ]晋恭帝永初元年（公元420年），刘裕遂废晋恭帝司马德文，自立为帝，国号为宋，建元永初，仍都建康。

刘宋建立以后，慑于农民起义的威力，害怕再次遭受农民起义的打击，于是接受了孙恩、卢循起义带来的历史教训，遂推行了多方面的改革。

（一）地方分裂割据势力的铲除

（1）在对内部势力的整顿中，其中最重要的是刘毅一族的打击。刘毅作为北府兵将领，曾与刘裕共同反对桓玄，但在其势力壮大过程中，逐渐与尚书仆射谢混、丹阳尹都僧等互相勾结，最终形成了一个新的士族分裂集团。东晋义熙八年（公元412年），刘毅任荆州刺史，利用职权，擅自委派官吏兼并豫州府县，以此扩大自己的政治地盘与势力范围。刘裕遂细数刘毅罪状，亲自发兵征讨，最终，刘毅及其党羽皆伏诛。此后对刘毅同伙诸葛长民也进行了严厉打击，清除了内部的各个分裂割据势力。

（2）在与西南割据势力的斗争中，对谯纵进行了严厉打击。义熙元年（405年），谯纵利用刘裕追击桓玄之机，偷袭杀死益州刺史毛豫，自称成都王，成为东晋内部独占西南一隅的割据势力，在刘裕统治时期对东晋的西部边境地区不断骚扰。东晋义熙八年（公元412年），刘裕在消灭荆州刘毅的势力后，挥兵入蜀荡平谯纵，将益州重新纳入统治版图。